España, en efecto, con la ayuda de Dios, era un pueblo bien dispuesto para acometer la empresa inmensa de civilizar y evangelizar el Nuevo Mundo. Sin embargo, a los comienzos, cuando todavía no existía una organización legal, ni se conocían las tierras, todavía envueltas en las nieblas de la ignorancia, el personalismo anárquico y la improvisación, la codicia y la violencia, amenazaron con pervertir en su misma raíz una acción grandiosa. Para empezar, Cristóbal Colón, con altos títulos y pocas cualidades de gobernante, fracasó en las Indias como Virrey Gobernador. Tampoco el comendador Bobadilla, que le sucedió en 1500, en Santo Domingo, capital de La Española, pudo hacer gran cosa con aquellos indios diezmados y desconcertados, y con unos cientos de españoles indisciplinados y divididos entre sí.

Alarmados los Reyes, enviaron en 1502 al comendador fray Nicolás de Ovando, con 12 franciscanos y 2.500 hombres de todo oficio y condición, Bartolomé de Las Casas entre ellos. En las Instrucciones de Granada (1501) los Reyes dieron a Ovando normas muy claras. Ellos querían tener en los indios vasallos libres, tan libres y bien tratados como los de Castilla:

«Primeramente, procuraréis con mucha diligencia las cosas del servicio de Dios... Porque Nos deseamos que los indios se conviertan a nuestra santa Fe católica, y sus almas se salven... Tendréis mucho cuidado de procurar, sin les hacer fuerza alguna, cómo los religiosos que allá están los informen y amonesten para ello con mucho amor... Otrosí: Procuraréis como los indios sea bien tratados, y puedan andar seguramente por toda la tierra, y ninguno les haga fuerza, ni los roben, ni hagan otro mal ni daño». Si los caciques conocen algún abuso, «que os lo hagan saber, porque vos lo castigaréis». Los tributos para el Rey han de ser con ellos convenidos, «de manera que ellos conozcan que no se les hace injusticia». En fin, si los oficiales reales hicieran algo malo, «quitarles heis el oficio, y castigarlos conforme a justicia... y en todo hacer como viéredes que cumple al servicio de Dios, y descargo de nuestras conciencias, y provecho de nuestras rentas, pues de vos hacemos toda la confianza» (Céspedes del Castillo, Textos n.14).

Ovando, caballero profeso de la orden de Alcántara, con gran energía, puso orden y mejoró notablemente la situación -Las Casas le elogia-, ganándose el respeto de todos. Pero en una campaña de sometimiento, en la región de Xaraguá, avisado de ciertos preparativos belicosos de los indios, ordenó una represalia preventiva, en la que fue muerta la reina Anacaona. La Reina Isabel alcanzó a saber esta salvajada, que ocasionó a Ovando, a su regreso, una grave reprobación por parte del Consejo Real.